Medizinische Software LD1

für LAMPProjektentwicklungContent-Sharing

Automatische Homologie- und Schablonenstrukturvermeidung Lokale & Desktop BLAST Optionen Automatisches Auffinden von Sequenzen Sequenz-Ansicht Primer-Rechner Daten & Datenbank Management Bericht generieren Über LAMP Designer OptiGene bietet eine Software an, mit der effiziente Primer für Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP) Assays entworfen werden können. LAMP ist eine isotherme DNA-Amplifikationsmethode, die von der Eiken Chemical Company Ltd. in Japan erfunden wurde und mit der sich wenige DNA-Kopien in nur 30 Minuten auf 109 Kopien amplifizieren lassen. Die mit der reversen Transkription gekoppelte LAMP kann auch zur Amplifikation von RNA-Sequenzen eingesetzt werden. LAMP verwendet sechs speziell entwickelte Primer, die acht verschiedene Regionen in der Ziel-DNA erkennen, und das Design dieser sechs Primer ist entscheidend für einen erfolgreichen Test. LAMP Designer ruft Gensequenzen aus Online-Quellen wie GenBank direkt in das Programm ab. Die Anwendung kann eine BLAST-Suche durchführen, um Kreuzhomologien beim Design der Primer zu vermeiden. Sie unterstützt auch lokale und Desktop-BLAST-Optionen für die Verwendung benutzerdefinierter und unveröffentlichter Datenbanken. LAMP Designer enthält eine Sequenzansicht mit Primern, die in der Sequenz markiert sind, und berechnet die Schmelztemperatur Tm unter Verwendung der thermodynamischen Theorie der nächsten Nachbarn und hochgenauer SantaLucia-Werte. Die Software exportiert auch einen Bericht über die Publikationsqualität der entworfenen Assays zur Weitergabe an Kollegen. Die Daten werden im Projektformat organisiert und eine lokale Datenbank mit Sequenzinformationen und Suchergebnissen wird gepflegt. Kreuzhomologien vermeiden LAMP Designer interpretiert BLAST-Suchergebnisse automatisch