Magnetkugeln-Reagenzkit SMARTer®

zur RNS-Sequenzierung in EinzelzelleProtein

SMARTer Target RNA Capture for Illumina ist ein komplettes System, das für die Generierung von cDNA aus angereicherter Gesamt-RNA konzipiert ist. Mit Targeted RNA-seq können mehrere Herausforderungen überwunden werden, die mit RNA-seq-Experimenten mit ganzer Transkriptom-Amplifikation (WTA) verbunden sind, indem die Sequenzabdeckung und die Sensitivität der Erkennung von interessierenden Transkripten, die in geringen Mengen vorhanden sein können, verbessert werden. Gezielte RNA-seq-Ansätze haben auch den Vorteil, Kosten zu sparen und die Analyse zu vereinfachen. Die Anreicherung der interessierenden Transkripte vor der cDNA-Synthese ermöglicht die Erfassung von Informationen über Transkripte, die andernfalls übersehen werden könnten oder für deren Erkennung eine viel größere Anzahl von Sequenzierungs-Reads erforderlich wäre, einschließlich chimärer Genfusionen, Transkript-Isoformen und Spleißvarianten. Durch die Erhöhung der Empfindlichkeit wird auch die Leistungsfähigkeit der Analyse verbessert, was sich in einer Verringerung des Signal-Rausch-Verhältnisses zeigt. Im SMARTer Target RNA Capture for Illumina-Workflow wird die Gesamt-RNA in weniger als vier Stunden mit benutzerdefinierten biotinylierten DNA-Sonden hybridisiert und dann vor dem Capture auf Capture Beads gereinigt - magnetische Partikel, die mit Streptavidin beschichtet sind. Die Capture Beads wurden ausgewählt, weil sie eine besonders geringe Adsorption von Proteinen und Nukleinsäuren aufweisen und nicht mit nachgeschalteten Reaktionen wie PCR oder reverser Transkription interferieren, so dass eine cDNA-Synthese mit den Zielproben durchgeführt werden kann, während diese an den Beads haften bleiben. Capture Beads werden als Teil des SMARTer Target RNA Capture for Illumina Kits geliefert, sind aber auch separat erhältlich.