Reagenzkit / als Lösung CLindex™

zur Vorbereitung von ADN-Bankenzur Herstellung von RNA-Bibliotheken

Das CLindex™Probenmultiplexing-Kit ermöglicht das Pooling von bis zu 16 Proben in derselben Einzelzellsequenzierungsbibliothek. Die CLindex™-Multiplexing-Technologie nutzt die Click-Chemie für effizientes, unverfälschtes Proben-Tagging. Eine chemische Gruppe mit hoher Affinität zu Zelloberflächenproteinen und ein Oligo zur Probenindizierung, das an diese chemische Gruppe bindet, markieren die Zellen der einzelnen Proben. Ein großer Vorteil der auf Click-Chemie basierenden Markierung im Vergleich zur Markierung mit Antikörpern besteht darin, dass die von der Click-Chemie erkannten Zelloberflächenproteine reichlich vorhanden und in verschiedenen Spezies zu finden sind. Außerdem dauert der gesamte Prozess der Probenmarkierung nur 30 Minuten. Rationalisierter Arbeitsablauf Die Markierung der Proben erfolgt mithilfe der Click-Chemie vor der Zusammenführung der Proben in einem einzigen GEXSCOPE®-Arbeitsablauf. Gepoolte Zellen mit Proben-Tags werden dann zur Zelllyse und zum Barcoding auf einen SCOPE-Chip™ geladen. Der Proben-Tag (15nt) wird von einem universellen PCR-Handle und einem Poly(A)-Schwanz flankiert, die von Oligo-dT-Beads eingefangen werden. Die Proben-Tags sind mit einem Zell-Barcode markiert. Gleichzeitig werden die mRNAs derselben einzelnen Zelle ebenfalls von den magnetischen Oligo-dT-Beads an ihrem Poly(A)-Schwanz abgefangen und mit demselben Zell-Barcode sowie mit UMI markiert. Somit haben alle cDNA-Fragmente aus derselben Zelle einen gemeinsamen Nenner: den Zell-Barcode. Sowohl der Zell-Barcode als auch der CLindex-Tag gewährleisten, dass jedes Transkript mit der Ursprungszelle und -probe in Verbindung gebracht werden kann. Hohe Markierungseffizienz Vier unabhängige Zelllinien (NB4, THP1, U937 und CCRF) wurden mit CLindex® markiert und zu gleichen Teilen gepoolt, bevor die Zellen auf dem SCOPE-chip® aufgeteilt wurden.