Für die Einzelzell-RNA-Sequenzierung wird in der Regel eine aus frischen Proben hergestellte Einzelzellsuspension als Input benötigt. Für die Einzelzellsequenzierung von gefrorenen Geweben bieten wir ein spezielles Produkt, das GEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kit. Das GEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kit ist eine Komplettlösung für die Transformation von Geweben in einzelne Kerne und die Umwandlung der in den einzelnen Kernen enthaltenen mRNA in NGS-Bibliotheken.
Das GEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kit kann nicht nur für die Analyse von gefrorenen Gewebeproben verwendet werden, sondern auch für die Einzelkernsequenzierung von gefrorenen Zellen, die durch FACS-Sortierung isoliert wurden. Darüber hinaus kann das GEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kit auch für die Einzelzellanalyse von Zellen mit großem Durchmesser oder unregelmäßiger Form, wie z. B. Neuronen, verwendet werden.
Beispiel für einen experimentellen Datensatz
Gefrorenes Hippocampus-Gewebe aus dem Gehirn von Mäusen wurde mit dem GEXSCOPE® Single Nucleus RNA Library Kit verarbeitet. Nach der Kernisolierung, Partitionierung und dem Barcoding wurde eine Einzelkernbibliothek sequenziert, und die erhaltenen Daten wurden geclustert. Anhand der Expressionsprofile von Markergenen wurden die wichtigsten Zellsubtypen (exzitatorische Neuronen, inhibitorische Neuronen, Gliazellen, Neuroblasten und Oligodendrozyten) mit Hilfe der SynEcoSys-Datenbank annotiert.
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