Reagenzkit / als Lösung QuantSeq-Pool

zur Herstellung von RNA-Bibliotheken

Kosteneffiziente Methode zur Analyse der Genexpression für Screening-Projekte Frühes Pooling und Stapelverarbeitung sparen mühelos Zeit Einfache Skalierbarkeit von wenigen bis 36.864 Proben QuantSeq-Pool ist die optimale Lösung für die Erstellung von Genexpressionsprofilen für große Screening-Projekte, bei denen Proben-Barcoding, frühes Pooling und Stapelverarbeitung von bis zu 96 Proben in einer Reaktion zum Einsatz kommen. Der Arbeitsablauf ist für das Multiplexing von bis zu 36.864 Proben leicht skalierbar. Hohe Strangspezifität QuantSeq-Pool weist eine außergewöhnliche Strangspezifität von >99,9 % auf und ermöglicht die Zuordnung von Reads zu ihrem entsprechenden Strang auf dem Genom, wodurch die Entdeckung und Quantifizierung von Antisense-Transkripten und überlappenden Genen ermöglicht wird. Direkte Zählung zur Quantifizierung der Genexpression Es wird nur ein Fragment pro Transkript erzeugt; daher ist keine Längennormalisierung erforderlich. Dies ermöglicht eine genauere Bestimmung der Genexpressionswerte und macht QuantSeq zur besten Alternative zu Microarrays und herkömmlicher RNA-Seq in Genexpressionsstudien. Einfache Bioinformatik-Analyse Die Read-Zuordnung wird durch das Überspringen der Kreuzungserkennung vereinfacht. Die Reads werden am äußersten 3′-Ende der Transkripte generiert, wo fast keine Kreuzungen zu finden sind. Die Datenverarbeitung kann daher beschleunigt werden, indem z. B. Bowtie2 anstelle von TopHat2 verwendet wird. Einzigartige molekulare Bezeichner UMIs sind in QuantSeq-Pool integriert und werden im allerersten Schritt des Protokolls eingeführt. UMIs sind 10 Nukleotide lang und werden am Anfang von Read 2 ausgelesen. Verwenden Sie die UMI-Informationen, um PCR-Duplikate zu identifizieren und Amplifikationsverzerrungen zu vermeiden.