Für die Laser Mikrodissektion verwendet Leica Microsystems eine benutzerfreundliche, einfach zu bedienende und leistungsstarke Software. Die Software enthält alle Features für die Laser Mikrodissektion und ermöglicht dem Nutzer das einfache Ausschneiden von ausgewählten Bereichen nach Markieren oder direkt mittels Touchscreen und Pen oder per Maus. Visuelle Kontrolle der Auffanggefäße gehören ebenso zur Grundausstattung der Software wie Mikroskop- und Laserkontrolle, Serial Section Cutting (SSC) Modus, „Draw and Scan“ Modus, Video und Zeitraffer-Aufnahmen uvm.