2'-Desoxy-2'-fluor-Nukleoside nehmen eine RNA-artige Zuckerkonformation an, vermutlich aufgrund der hohen Elektronegativität von Fluor. Aufgrund dieser Zuckerkonformation sind RNA-Duplexe (A-Form) im Allgemeinen thermodynamisch stabiler als DNA-Duplexe (B-Form). Wie erwartet, erhöht das Hinzufügen von 2'-F-RNA-Resten zu Oligodeoxynukleotiden schrittweise die thermische Stabilität ihrer Duplexe mit RNA. Die Stabilisierung ist additiv und beträgt etwa 2° pro Rest. Dies ist ein günstiger Vergleich zu 2'-OMe-RNA mit etwa 1,5° und RNA mit 1,1° pro Rest. In der Zwischenzeit bleibt die Basenpaarspezifität intakt.
2'-F-RNA-Phosphodiester-Bindungen sind nicht nuklease-resistent, obwohl die entsprechenden Phosphorothioat-Bindungen sehr resistent sind. Forscher entwerfen in der Regel Antisense-Oligonukleotide, um Duplexe mit RNA zu bilden, die dann Substrate für RNase H sind. Einheitlich modifizierte 2'-F-RNA/RNA-Duplexe sind keine Substrate für RNase H. Es ist jedoch einfach, chimäre 2'-F-RNA/DNA-Phosphorothioat-Oligonukleotide herzustellen, die eine verstärkte Bindung an das RNA-Ziel aufweisen, Substrate für RNase H sind und sehr nuklease-resistent sind.
Spezifikationen
Chemie
Molekulare Masse/Gewicht - 307,17
Lagerung und Stabilität
Resuspensionsbedingungen -
- Das Röhrchen kurz drehen, um das Pellet am Boden des Röhrchens aufzufangen - Ein angemessenes Volumen des empfohlenen Puffers hinzufügen (siehe technisches Datenblatt) - Das Röhrchen einige Minuten stehen lassen - Das Röhrchen 15 Sekunden lang vortexen
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