Der Bereich der zu trennenden Fragmentgrößen bestimmt die Wahl der Agarosekonzentration für ein Gel. Typische Agarosekonzentrationen sind 0,5 % bis 3,0 %. Für große DNA-Fragmente sind Gele mit niedrigem Prozentsatz erforderlich, während für kleine DNA-Fragmente Gele mit hohem Prozentsatz empfohlen werden. Schwache Gele (0,5% Agarose) sollten bei niedrigen Temperaturen (z.B. -4°C) elektrophoretisiert werden. Für die Routineelektrophorese werden Agarosegele von 0,75 % bis 1,0 % für eine breite Palette von Trennungen (0,15 bis 15 kb) empfohlen. für die Auflösung von PCR-Fragmenten werden in der Regel 2...4%ige Agarosegele gewählt. Wenn das Gel anschließend fotografiert werden soll, sind dünne Gele (2 bis 3 mm) mit niedrigprozentiger Agarose besser als dicke oder hochprozentige Gele. Letztere erzeugen eine erhöhte Opazität und Autofluoreszenz.
Elektrophorese-Puffer
TAE-Puffer bietet eine optimale Auflösung von Fragmenten mit einer Länge von mehr als 4 kb, während für Fragmente mit einer Länge von 0,1 bis 3 kb der TBE-Puffer gewählt werden sollte. TBE hat sowohl eine höhere Pufferkapazität als auch eine geringere Leitfähigkeit als TAE und sollte daher für die Hochspannungselektrophorese verwendet werden. Außerdem erzeugt der TBE-Puffer bei gleicher Spannung weniger Wärme als TAE und erlaubt keine signifikante pH-Drift. Hinweis: Aufgrund seiner geringeren Pufferkapazität sollte TAE bei der Volllängenelektrophorese, insbesondere bei höheren Spannungen, von Zeit zu Zeit umgewälzt oder gemischt werden.
Einfluss der Temperatur
Bei der Elektrophorese mit hohen Spannungen entsteht Wärme. Außerdem erzeugen Puffer mit hoher Leitfähigkeit wie TAE mehr Wärme als Puffer mit niedriger Leitfähigkeit.
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