Der AID-Immunoblot basiert auf der Westernblot Methodik, die eine Trennung von Proteingemischen ermöglicht. Im Gegensatz zu rekombinanten Lineblots werden bei der Herstellung des AID – Immunoblots Gesamt-Zelllysate von Bakterien oder Viren verwendet. Der Vorteil dieser klassischen Methode liegt vor allem darin, dass sämtliche Epitope eines Infektionserregers für die Detektion von spezifischen Antikörpern vorliegen. Für die Detektion von Autoantikörpern werden ebenfalls Zellextrakte verwendet, die dadurch ein breites Epitopspektrum aufweisen.
Daher bietet der Immunoblot nicht nur als Bestätigungstest eine hohe Spezifität, vielmehr lassen sich anhand der detektierten Antikörper beziehungsweise des Bandenmusters Krankheitsverläufe genauer darstellen.
Für die Auswertung von Immunblots bietet die AID eine automatisierte oder manuelle Auswertung an.